Foi erguida em 1826 por iniciativa de José Carneiro da Silva, 1º barão e visconde de Araruama, que a passou como herança para um de seus filhos, João Caetano Carneiro da Silva, futuro barão e visconde de Quissamã.

A Casa da Fazenda Quissamã mostra o enriquecimento da aristocracia rural do Norte-Fluminense com os engenhos de açúcar no século XIX. A seqüência cronológica de construção da Casa da Fazenda Mato de Pipa (1777), da Casa da Fazenda Quissamã (1826, ampliada em 1860) e da Casa da Fazenda Mandiqüera (1875) exemplifica o enriquecimento de uma oligarquia rural do açúcar (a família Carneiro da Silva) e os diversos gostos e estilos arquitetônicos prevalecentes em cada época.

A casa hospedou por duas vezes o imperador Dom Pedro II e sua comitiva: em 1847, quando estes visitavam a região norte fluminense e foram inspecionar as obras de construção do Canal Macaé-Campos e pela segunda vez em 1877, para inauguração do Engenho Central de Quissamã.

Assim como diversas outras propriedades imponentes construídas no século XIX na região, o solar foi abandonado durante várias décadas o que causou o desmoronamento de parte do prédio. Adquirido pela Prefeitura Municipal, a Conenge Engenharia foi contratada para realizar a restauração.

Hoje a casa, perfeitamente restaurada, abriga o Museu Casa de Quissamã e será futura sede do Parque Municipal, além de seu desenho ser o símbolo oficial do Município.